保健食品备案检验项目有很多，可以说所有产品必须完成安全性毒理学试验、功能学试验(营养素补充剂除外)、稳定性试验、卫生学检验、功效成份鉴定试验。根据产品的功能和原料特性，还有可能要求申报的产品进行激素、兴奋剂检测、菌株鉴定试验、原料品种鉴定等。卫生学检测是对产品的卫生学指标进行检测，包括两类:理化检测和微生物检测。理化检测主要是对产品理化指标进行检测，如污染物指标(铅、砷、汞)、功效成分、崩解度等。
微生物检测是对产品的微生物指标进行检测，如大肠菌群、菌落总数、霉菌、酵母等。稳定性检测是检测产品在声称的保质期内各项指标是否稳定，其检测项目与卫生学检测的项目相同，对于新产品，检测的时间分别在产品放置于模拟环境后1个月、2个月、3个月时进行。安全性检测是对产品安全性毒理学的检验。根据产品配方的不同，毒理学检测的项目有所不同。一般产品都应进行二阶段的检测，有的产品还应做30天喂养或更深阶段的毒理学检查。功能学检查是检验机构根据国家标准或评委会认可的试验方法对产品声称的功能的检验。
