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保健食品备案，是指保健食品生产企业依照法定程序、条件和要求，将表明产品安全性、保健功能和质量可控性的材料提交市场监督管理部门进行存档、公开、备查的过程。也就是说，二者在审评机制和申报流程上都有所不同，备案制省去了之前反复困扰申报企业的审评环节。
南京保健食品注册，是指市场监督管理部门根据注册申请人申请，依照法定程序、条件和要求，对申请注册的保健食品的安全性、保健功能和质量可控性等相关申请材料进行系统评价和审评，并决定是否准予其注册的审批过程。
保健食品备案所要求的资料项和保健食品注册大体相同，只不过在产品研发方面降低了要求，无需提交产品研发报告及相关数据，包括研发人、研发时间、研制过程、中试规模以上的验证数据，目录外原料及产品安全性、保健功能、质量可控性的论证报告和相关科学依据，以及根据研发结果综合确定的产品技术要求等。这也就意味着，备案制可为企业节约大量的前期研究的时间和费用。
