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《保健食品原料目录与保健功能目录管理办法》主要有以下三方面的新举措：
一、是强化社会共治。《保健食品原料目录与保健功能目录管理办法》规定，任何个人、企业、科研机构和社会团体在科学研究论证的基础上，均可提出纳入保健食品原料目录和功能目录的建议。主管部门按程序要求组织审查、公开论证，符合要求的就可以纳入目录。这样可以充分发挥社会资源科研优势，提高原料和功能评价方法的科学性，解决目前单一政府主导而科技力量不足的问题，提高保健食品备案和注册申报质量，提高审评审批效率。
二、是鼓励研发创新。《保健食品原料目录与保健功能目录管理办法》鼓励多元市场主体参与目录制定，打通了新的保健功能研究开发路径。鼓励企业既继承传统中医养生理论，又充分应用现代生物医学技术，研究开发新功能新产品，改变目前产品低水平重复的现状，促进保健食品产业高质量发展。
三、是严格质量标准。保健功能目录规定了允许保健食品声称的保健功能范围，原料目录界定了注册与备案的通道，纳入原料目录的，可以直接备案。为保证纳入目录的原料安全有效、功能真实可靠、质量标准稳定，《保健食品原料目录与保健功能目录管理办法》严格规定了目录纳入条件、纳入程序、管理方式。对纳入目录的原料和保健功能，设置了再评价和退出机制，对于新研究发现有风险、科学共识有变化的，可以及时启动目录的调整程序。
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